העברת מרכז האיסוף למרחב מוגן, פעילות רחבה כדי לאפשר את ביצוע התרומות גם במהלך המלחמה, פתיחת חדרי לינה לתורמים, ומאמץ מיוחד להעברת התרומות גם ליעדים בחו"ל- אלו רק חלק מהצעדים שנקטו במאגר מח העצם הלאומי של עזר מציון כבר עם פרוץ המלחמה כדי להציל חיים ולא לוותר על אף חולה.
מיד עם פרוץ מבצע "שאגת הארי" נדרשה מערכת הבריאות במהירות להתאמות ושינויים בשטח, הן עבור היערכות חירום לצרכים שיעלו, והן עבור שמירת הפעילות הקיימת ללא פגיעה בחולים הזקוקים לטיפול. גם בעמותת עזר מציון, שמעניקה שירותים פרא-רפואיים למאות אלפי אזרחים בשנה, נערכו באופן מיוחד- במערך ההתנדבות וחירום ובהתאמה של הפעילות הארצית.
היערכות מיוחדת שחייבה התאמות ושינויים באופן מיידי היא במאגר מח העצם הלאומי של עזר מציון. מדובר במאגר היהודי הגדול בעולם שמונה למעלה מ-1,300,000 דגימות מח עצם. חלק משמעותי מפרוטוקול הטיפול אצל חולי סרטן הדם ומחלות דם שונות הוא השתלת מח עצם מתורם מתאים. לאחר ההמלצה הרפואית, פועלים במאגר לאתר תורם מתאים בהתאם לבדיקות של החולה, וכאשר נמצאת התאמה- התהליך יוצא לדרך. הליך התרומה מתקיים במרכז האיסוף בבית אורנית של העמותה בפתח תקווה ונמשך מספר שעות, כאשר לא ניתן להפסיקו באמצע ההליך. בתום ההליך – התרומה עוברת לחולה וההשתלה מתבצעת באחד מבתי החולים.
כפועל יוצא מכך, כבר בימיה הראשונים של המלחמה פעלו במאגר להעביר את מרכז האיסוף כולו למרחב מוגן במבנה. זאת מתוך הבנה כי כל דחיה של העברת התרומות עלולה לסכן את חייו של החולה באופן מיידי. מדובר בתהליך מורכב, כשבסופו הוצבו 3 עמדות לתרומה במרחב מוגן עבור התורמים שיגיעו. בנוסף, מתוך הבנה שיש תורמים שלא יוכלו או יחששו להגיע עקב האזעקות- נפתחו בבית אורנית חדרי לינה עבור תורמים שיהיו מעוניינים להעביר את הלילה לפני התרומה בבית אורנית ויוכלו להתחיל את הליך התרומה בבוקר שלמחרת.
אתגר נוסף שהתמודדו עימו במאגר הוא העברת תרומות מח עצם אל מעבר לים. מאחר ומדובר במאגר היהודי הגדול בעולם- במאגר נמצאים תורמים ליהודים שזקוקים לתרומות בכל רחבי העולם. התרומות נאספות במרכז האיסוף בארץ ונשלחות לחו"ל. עקב סגירת השמיים בתחילת המלחמה- במאגר פעלו על מנת למצוא פתרונות כשבסופו של דבר התרומות נשלחו ליעדן כמעט ללא עיכוב.
מייסדת ומנהלת מאגר מח הלאומי ד"ר ברכה זיסר: " גם בזמן מלחמה- המלחמה הפרטית של חולי הסרטן לא עוצרת או מחכה, ומבחינתנו, היה לנו ברור שאנחנו לא מוותרים על אף חולה. כשיש חולה שזקוק לתרומה שתציל את חייו ונמצא לו תורם מתאים- מחובתנו לדאוג לעשות הכל כדי שהתרומה תצא לפועל."